Throughout the biological and biomedical sciences there is a growing need for, prescriptive ‘minimum information’ (MI) checklists specifying the key information to include when reporting experimental results are beginning to find favor with experimentalists, analysts, publishers and funders alike. Such checklists aim to ensure that methods, data, analyses and results are described to a level sufficient to support the unambiguous interpretation, sophisticated search, reanalysis and experimental corroboration and reuse of data sets, facilitating the extraction of maximum value from data sets (...) them. However, such ‘minimum information’ MI checklists are usually developed independently by groups working within representatives of particular biologically- or technologically-delineated domains. Consequently, an overview of the full range of checklists can be difficult to establish without intensive searching, and even tracking thetheir individual evolution of single checklists may be a non-trivial exercise. Checklists are also inevitably partially redundant when measured one against another, and where they overlap is far from straightforward. Furthermore, conflicts in scope and arbitrary decisions on wording and sub-structuring make integration difficult. This presents inhibit their use in combination. Overall, these issues present significant difficulties for the users of checklists, especially those in areas such as systems biology, who routinely combine information from multiple biological domains and technology platforms. To address all of the above, we present MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations); a web-based communal resource for such checklists, designed to act as a ‘one-stop shop’ for those exploring the range of extant checklist projects, and to foster collaborative, integrative development and ultimately promote gradual integration of checklists. (shrink)

L’auteur, qui se propose de publier, pour le bicentenaire de la naissance d’Édouard Reuss , sa correspondance avec Michel Nicolas , présente l’état de ces lettres inédites et les circonstances de leur rédaction. Il montre qu’elles éclairent l’élaboration de la production littéraire des deux protagonistes et l’évolution de la théologie protestante au XIX e siècle en France. Pour illustrer le combat commun des deux correspondants pour le progrès des sciences théologiques en France, il présente enfin les passages qui concernent (...) le projet de création d’une revue scientifique. Il suggère au passage l’influence insoupçonnée de M. Nicolas sur la théologie protestante française, en particulier sur l’évolution des sciences bibliques. The author, who proposes to publish, for the bicentennial of Edouard Reuss’ birth , his correspondence with Michel Nicolas , presents the state of these yet unpublished letters and the circumstances in which they were written. He shows that they enlighten the literary production of both protagonists and the evolution of French Protestant theology in the 19th century. To illustrate their common struggle for the advance of theological sciences in France, he presents at last passages which concern the project to create a scientific periodical. He also suggests the unsuspected influence of M. Nicolas on French Protestant theology, in particular on the evolution of biblical sciences. (shrink)

L’œuvre de Nicolas de Cues est à la disposition de la communauté scientifique depuis l’édition monumentale de ses Opera omnia par l’académie de Heidelberg, et un grand nombre de publications y ont été consacré. Depuis une vingtaine d’années l’intérêt pour cette oeuvre a été relancé notamment par les études du grand médiéviste Kurt Flasch, et, en France, par la thèse de J.-M. Counet et par plusieurs traductions qui mettent à la disposition d’un public cultivé toute une série de textes (...) du cusai.. (shrink)

Edition du ms. K 861 découvert à la Bibliothèque humaniste de Sélestat, dans lequel Beatus Rhenanus, étudiant alsacien de Jacques Lefèvre d’Etaples et de Charles de Bovelles de 1503 à 1505, rapporte un propos de ce dernier, réunit un ensemble de citations de Nicolas de Cues, et transcrit un opuscule inédit de 62 propositions Sapiens est qui se fecit hominem, que l’on peut attribuer à Bovelles.

Ontologies are being developed throughout the biomedical sciences to address standardization, integration, classification and reasoning needs against the background of an increasingly data-driven research paradigm. In particular, ontologies facilitate the translation of basic research into benefits for the patient by making research results more discoverable and by facilitating knowledge transfer across disciplinary boundaries. Addressing and adequately treating mental illness is one of our most pressing public health challenges. Primary research across multiple disciplines such as psychology, psychiatry, biology, neuroscience and pharmacology (...) needs to be integrated in order to promote a more comprehensive understanding of underlying processes and mechanisms, and this need for integration only becomes more pressing with our increase in understanding of differences among individuals and populations at the molecular level concerning susceptibility to specific illnesses. Substance addiction is a particularly relevant public health challenge in the developed world, affecting a substantial percentage of the population, often co-morbid with other illnesses such as mood disorders. Currently, however, there is no straightforward automated method to combine data of relevance to the study of substance addiction across multiple disciplines and populations. In this contribution, we describe a framework of interlinked, interoperable bio-ontologies for the annotation of primary research data relating to substance addiction, and discuss how this framework enables easy integration of results across disciplinary boundaries. We describe entities and relationships relevant for the description of addiction within the Mental Functioning Ontology, Chemical Entities of Biological Interest Ontology, Protein Ontology, Gene Ontology and the Neuroscience Information Framework ontologies. (shrink)

Le Jansénisme c’est d’abord un mot, une idée et une réalité. Ce sont aussi des personnages, hommes et femmes, qui au XVIIe et au XVIIIe siècles ont joué une incarnation qui n’était pas que religieuse ou théologique, malgré le primat de celle-ci. Le tableau historique que propose M. Le Guern est aussi l’analyse des positions et réactions des principaux acteurs, de Richelieu et Saint-Cyran à Antoine Arnaud, de Nicolas Pavillon et le Formulaire, jusqu’à Quesnel et la reprise des hostilités (...) après une certaine accalmie fin de siècle, avec les effets de la Bulle Unigenitus. Comme on le sait, le terme, sinon vraiment définitif dont il faudrait encore parler, du moins selon d’importants repères historiques, se lit aujourd’hui en divers mouvements qui, après miracles et convulsions, se réduiront, à défaut de se résoudre, dans les conflits, les dispersions et les dérives sectaires. Jansenism is, first of all, a word, an idea, and a reality. It also includes characters, the men and women who incarnated it during the 17th and 18th centuries, not only on a religious or theological level, despite the primacy of the latter. The historical picture that M. Le Guern proposes is also an analysis of the positions and reactions of the principle actors, from Richelieu and Saint-Cyran to Antoine Arnaud, from Nicolas Pavillon and the Formulary, all the way to Quesnel and the renewal of hostilities, after a certain calm at the end of the century, due to the effects of the Bull Unigenitus. As we know, the term “Jansenism”, while still open to discussion, can at least be interpreted today, in terms of important historical landmarks. It comprised various movements which, after miracles and convulsions, were finally degenerated –for want of a resolution – into conflicts, dissipation, and sectarian drifts. (shrink)

This chapter compares rationalist theories of sense perception to previously held theories of perception (especially of vision) and examines rationalist accounts of sensory qualities and sensory representation, of the role of the sense-based passions in guiding behavior, of the epistemological benefits and dangers of sense perception, and of mind–body relations. Each section begins with Descartes, the first major rationalist of the seventeenth century. The other major rationalists, Malebranche, Spinoza, and Leibniz, and also lesser known figures such as Pierre Regis, Jacques (...) Rohault, and Antoine Le Grand, were well acquainted with Descartes' work. Indeed, the first three were each deeply influenced by Descartes in their early years before developing their own philosophical systems, and the latter three were all advocates of Descartes' philosophy (perhaps with slight revision). Each of the major rationalists, while sharing some positions in common, developed a distinctive metaphysics of perception and of the mind–body relation. Earlier sections chart these differences and a final section sums up common features and touches on the continuing significance of their views. (shrink)

Au regard de l'analyse de discours, le déclin économique de la France n'existe pas. L'analyse des controverses médiatiques qui ont suivi la parution en 2003 de l'essai de Nicolas Baverez, La France qui tombe, montre en effet que ni l'histoire, ni la statistique, ni la comparaison géographique ne mènent à la conclusion définitive du déclin et qu'autour de celles-ci s'opposent « déclinophiles » et «déclinophobes». L'analyse de discours révèle la multiplicité des histoires ou des récits économiques autour du déclin, (...) relativisant ainsi l'apparente neutralité des discours sur le déclin économique de la France.In view of discourse analysis, the economic decline of France does not exist. The analysis of media controversies that followed the publication in 2003 of trying to Nicolas Baverez, France falls, shows that neither history nor the statistical or geographical comparisons lead to the conclusion of the final decline and that around them oppose "déclinophiles" and "déclinophobes". The discourse analysis reveals the multiple stories or stories about economic decline, thus relativizing the apparent neutrality of discourse on the economic decline of France. (shrink)

Le De coniecturis de Nicolas de Cues illustre le danger de solipsisme qui menace toute doctrine faisant de la recherche de la « vérité précise » une recherche sans fin. Ce thème n’est pas sans évoquer celui de la traduction. Si la connaissance est individualisée, souligne le Cusain, la compréhension des autres hommes devient en effet problématique : « Personne ne peut jamais concevoir parfaitement la compréhension d’autrui, même si certains s’en approchent plus que d’autres ». Comment pouvons-nous savoir (...) ce que pense un autre homme? Comment pouvons-nous savoir que les signes par lesquels nous communiquons avec les autres ont la même signification pour eux et pour nous? Si les différentes conjectures des différentes personnes sont sans rapport les unes avec les autres, elles sont intraduisibles. Comment donc nous comprendre? Telles sont les questions soulevées par cet article. (shrink)

Nicolas de Cues effectue au XVe siècle un geste métaphysique qui nous paraît décisif pour la métaphysique classique et particulièrement pour la philosophie de Leibniz : il élabore une métaphysique de la singularité créée à partir de l’affirmation de l’infinité du Principe. La puissance de l’infinité divine renforce la valeur de chaque créature singulière grâce à un dispositif d’expression de l’infini dans le fini. Cependant ce processus de singularisation universel ne va pas sans soulever des difficultés. Comment la singularité (...) de la créature peut-elle s’ouvrir à l’infini ? Comment les créatures singulières peuvent-elles former un monde commun et se rapporter à leur Principe sans abandonner leur puissance de distinction ? Nous exposerons trois temps de ce processus de singularisation : la déduction, par une métaphysique expressive de l’infini, de la singularité conçue comme contraction de l’Unité divine ; l’intégration cosmologique des êtres singuliers ainsi déduits ; enfin la destinée spirituelle de l’intériorisation mentale de l’ensemble du processus. (shrink)

Le texte part du fait que Nicolas de Cues ainsi que Franciscus Patricius , philosophe croate du XVIe siècle, font partie d’un courant de penseurs de la Renaissance ayant défendu l’hypothèse de l’infini de l’univers. Il est intéressant de voir comment, malgré ce point de départ commun, leurs théories sur la position de la Terre dans l’univers divergent. Si pour Nicolas de Cues, la Terre est une « stella nobilis », c’est-à-dire une étoile noble, Petrić la considère comme (...) « faex omnium rerum », déjection de toutes choses. L e texte tente de trouver l’origine de cette divergence entre les deux philosophes. (shrink)

François Duchesneau | : Nicolas de Béguelin, philosophe et scientifique, membre de l’Académie de Berlin, entreprit de concilier des thèses contrastées sur les fondements de la philosophie de la nature, qui semblaient suggérer une antinomie irréductible entre les principes leibniziens-wolffiens et les principes newtoniens. Dans une série de mémoires consacrés à ce projet, il tente d’établir qu’une philosophie expérimentale reste incertaine de ses hypothèses, si elle ne les confronte aux réquisits qu’imposent certains des principes architectoniques dérivant du principe de (...) la raison suffisante. Au coeur de l’argument figure une analyse visant à rattacher le concept de loi de la nature à la catégorie des vérités contingentes. Illustration en est fournie par la « déduction » des lois fondamentales de la mécanique : celles-ci ne sauraient être réduites à des propositions abstraites relevant de la seule nécessité géométrique. C’est en se fondant sur le réquisit de l’harmonie universelle que Béguelin propose des hypothèses sur l’intégration de forces motrices, intégration qui serait sous-jacente à l’inertie des corps, et sur l’espace comme ordre de coexistence des corps qui dépendrait de l’interrelation entre des éléments monadiques. | : Nicolas de Béguelin, philosopher and scientist and a member of the Berlin Academy, undertook to conciliate such conflicting views concerning the foundations of natural philosophy as seemed to suggest an irreducible antinomy between the Leibnizian-Wolffian and the Newtonian principles. In a series of memoirs, he argued that experimental philosophy would remain unsettled about the validity of its hypotheses as long as it failed to check them against requisites arising from architectonic principles and their source in sufficient reason. At the heart of his argument, one finds an analysis of the relationship that holds between laws of nature and contingent truths. Case studies were provided relative to the “deduction” of the fundamental laws of mechanics : these should be in no way equated with abstract statements featuring geometrical necessity. Relying on the requisites of universal harmony, Beguelin framed up hypotheses concerning the integration of motive forces underpinning inertia, as well as concerning space as an order of coexistent bodies that would depend on the interrelation between monadic elements. (shrink)

Autorka artykułu podejmuje temat mistyki spekulacyjnej dotyczącej tego, czy istoty ludzkie mogą osiągnąć pełną jedność z zasadą bytu w kontekście koncepcji imago repraesentationis Mikołaja z Kuzy. U Mikołaja z Kuzy to pytanie pojawia się w kontekście zachowania wolności człowieka,jako imago imitationis creata, dzięki unii personalnej z Absolutem.Dans cet article l’auteur traite un thème de la spéculation mystique qui concerne la question de savoir si l’etre humain peut atteindre une union complete avec l’origine ou principe de l’être dans le contexte de (...) la notion repraesentationis imago de Nicolas de Cues. Chez Nicolas de Cues cette question se pose en termes de déroulement de la liberté de l’être humain, comme imago imitationis creata, à travers cette union personnelle avec l’Absolu.In this article the author deals with a theme of mystical speculation that regards the question of whether the human being can reach a complete union with the origin or principle of being within the context of Nicholas of Cusa’s notion of imago repraesentationis. In Nicholas of Cusa, this question is posed in terms of the unfolding of the human being’s freedom, as imago imitationis creata, through that personal union with the Absolute. (shrink)

Cette oeuvre majeure de Nicolas de Cues, aussi essentielle que la Docte Ignorance bien que moins connue, est, selon les termes de Jocelyne Sfez, un « Discours de la méthode ». Elle expose en effet une méthode novatrice pour atteindre le vrai, à partir de l'explicitation de sa racine métaphysique. L'ouvrage suit inlassablement les deux mouvements inséparables de progression de l'unité dans l'altérité et de retour de l'altérité vers l'unité. L'unité infinie, divine, absolue, est en elle-même in..